SMK Negeri 1 Anggana berdiri sejak tahun 2015 berdasarkan surat izin Dinas Pendidikan Pemerintah Kabupaten Kutai Kartanegara Nomor : 421/142/SK/DP.IV/IX/2015 tentang Izin Operasional Paket Keahlian. Berdasarkan keputusan tersebut, di awal pendirian SMK Negeri 1 Anggana memiliki 2 paket keahlian yaitu Teknik Alat Berat dan Teknik Sepeda Motor. Berdirinya SMK Negeri 1 Anggana mengacu pada program pemerataan pembangunan sumber daya manusia di wilayah Kutai Kartanegara sebagaimana Program Pemerintah Kukar saat itu yakni GERBANG RAJA (Gerakan Pembangunan Rakyat Sejahtera) di mana pada tahun itu, diantara 6 kecamatan wilayah pesisir Kutai Kartanegara, hanya di Kecamatan Anggana yang belum memiliki Sekolah Menengah Kejuruan (SMK). Sebagai satu-satunya lembaga kejuruan di Kecamatan Anggana, pada tahun kedua banyak permintaan masyarakat agar sekolah ini membuka jurusan yang mengakomodir keberadaan pelajar perempuan yang ingin belajar di kejuruan. Meskipun pada dua jurusan yang pertama dibuka juga tidak menghususkan peserta didik laki-laki, namun dalam pandangan wilayah setempat kedua jurusan tersebut kurang sesuai untuk pelajar putri. Akhirnya berdasarkan pengajuan dari sekolah dan persetujuan dari Dinas Pendidikan Provinsi Kalimantan Timur, maka dibukalah jurusan pada bidang IT yaitu kompetensi keahlian Rekayasa Perangkat Lunak (RPL). Sehingga sejak Tahun 2016 SMK Negeri 1
Anggana memiliki 2 program keahlian yaitu :
- Teknik dan Rekayasa yang terdiri dari 2 kompetensi keahlian :
- Teknik Alat Berat (TAB),
- Teknik dan Bisnis Sepeda Motor (TBSM) dan program keahlian
- Teknik Komputer dan Informatika yang memiliki satu kompetensi keahlian:
- Rekayasa Perangkat Lunak (RPL).